一年戦争におけるジオン公国軍の地球侵攻作戦では、陸戦仕様の「MS-06J ザクII」を元に、様々な局地戦仕様機が開発・投入された。中でも、熱帯や砂漠といった過酷な環境に対応する機体として開発されたのがD型「MS-06D ザク・デザートタイプ」である。
その名の通り砂漠での運用に特化した改修が全身各部に施されており、内部機構への砂の流入を防ぐための各関節部の防塵カバー、不整地での移動を可能とする脚部・腰部の補助推進ユニット、機体の過熱を抑制する背部の冷却用ラジエーターなどは外観からも見て取れる特徴となっている。
生産された機体は基本的にすべてがアフリカ戦線に投入され、一年戦争中期のアフリカ戦線で活躍しジオンの攻勢を支えた。この時期は「MS-07 グフ」「MS-09 ドム」の開発・配備も進みつつあったが、本格的な配備は戦争後期であり、それまでの主力は「MS-06D」をはじめとするザク・シリーズが担ったのである。
なお、生産時期によって頭部アンテナの形状が異なるタイプが存在しており、カラカル隊に配備された初期型は頭部左右に計2本のロッドアンテナが伸びた外観、後期型は頭頂部に複合式のブレードアンテナが設置された外観となっている。
局地戦にも対応する耐久性を備えたMS-06Dは、一年戦争後のゲリラ戦でも引き続き使用されており、U.C.0096においてもフル・フロンタル配下のネオ・ジオン部隊と合流し「ガランシェール」の牽引作業などでその姿を見せていた。